Kumamoto nằm ở cuối phía nam của dải đất Nhật Bản, nơi mà một hệ thống đứt gãy với các nhánh hoạt động theo hai hướng. Các trận động đất xảy ra dọc theo,[31] với tâm chấn di chuyển từ phía tây sang đông theo thời gian.[32] Khoảng 8:30 JST, ngày 16 tháng 4, núi Aso thấy một quy mô nhỏ phun trào với tro cuồn cuộn cao 100 m (330 ft) vào không trung; vẫn chưa rõ liệu các vụ phun trào liên quan đến trận động đất.[33] Kazuhiro Ishihara, của Đại học Kyoto và các Phó Chủ tịch Ủy ban Điều phối của JMA về Dự đoán núi lửa phun trào, đã nói rằng núi Aso đã được hoạt động từ trước khi trận động đất,[34] được cảnh báo cấp 2 từ JMA kể từ ngày 24 tháng 11 năm 2015.[35][36]